¿Cómo hacer para que NiFi arranque sin correr los flujos en automático?

Para hacer que NiFi arranque con los flujos en modo parado, hay que cambiar una propiedad en el archivo de configuración nifi.properties. Esta propiedad es nifi.flowcontroller.autoResumeState=false. Por defecto, la instalación viene con esta propiedad habilitada. En Cloudera Manager esta propiedad no viene expuesta por defecto, al menos, hasta la versión 1.0.1.0 de Cloudera Flow Management. Para hacer el cambio, sencillamente, agregamos la propiedad y se replica en todos los nodos del clúster. Luego del cambio, hay que reiniciar el clúster.
En Cloudera Manager podemos agregar la propiedad en Advanced > Nifi Node Advanced Configuration Snippet (Safety Valve). Se agrega el Key/Value y luego grabamos la configuración.